โรงเรียนศึกษาสงเคราะห์นราธิวาส มีเนื้อที่ 190 ไร่1 งาน กับ 42  ตารางวา  ตั้งอยู่เลขที่ 195/1 หมู่ที่ 9  ตำบลโละจูด อำเภอแว้ง จังหวัดนราธิวาส  โดยมีวัตถุประสงค์เริ่มแรกเพื่อช่วยเหลือเด็กที่มีอุปสรรคในการเข้ารับการศึกษา  โดยเฉพาะเด็กที่ได้รับการยกเว้นตาม พ.ร.บ.ประถมศึกษาเช่น อยู่ห่างไกล ท้องถิ่นกันดาร การคมนาคมไม่สะดวก กำพร้าบิดามารดา ขาดผู้อุปการะ หรือภัยคุกคาม โดยรับผิดชอบในเขตการการศึกษา 2 ประกอบด้วยจังหวัด ยะลา ปัตตานี สตูลและนราธิวาสต่อมาในปีการศึกษา 2543 ทางโรงเรียนได้เปลี่ยนวัตถุประสงค์การรับนักเรียนเป็นการให้ความช่วยเหลือทางการศึกษาแก่เด็กด้อยโอกาสตามที่กระทรวง ศึกษาธิการกำหนด 10 ประเภท  เพื่อมุ่งให้เกิดความเสมอภาคทางการศึกษา และได้ขยายพื้นที่บริการการรับนักเรียนจากเดิมรับเฉพาะในเขต 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้เป็น 5 จังหวัดชายแดนภาคใต้โดยรับนักเรียนจากจังหวัดสงขลา(อำเภอนาทวี อำเภอสะบ้าย้อย อำเภอสะเดา อำเภอจะนะ และอำเภอเทพา)  เพิ่มอีก 1 จังหวัด
เมื่อปี พ.ศ.2513 ซึ่งเป็นระยะเริ่มก่อตั้งนั้นโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์นราธิวาส มีที่ดิน  220 ไร่97 ตารางวา ซึ่งกรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทย อนุญาตให้ใช้ที่ดินแห่งนี้  ต่อมาทางนิคมสร้างตนเองอำเภอแว้ง ขอที่ดินคืนเพื่อนำไปใช้เป็นที่ดินทำกินของเยาวชน ตามโครงการพระราชดำริสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีและสำนักงานป่าไม้เขตปัตตานี กรมป่าไม้ ขอใช้ที่ดินก่อสร้างสำนักงาน และบ้านพัก ปัจจุบันจึงเหลือพื้นที่อยู่ 190 ไร่1 งาน 42 ตารางวา
วันที่ 8 มิถุนายน 2514 เป็นวันแรกที่เปิดเรียนโดย พณฯ นายอภัย จันทวิมล รมช. กระทรวงศึกษาธิการสมัยนั้น เป็นประธานในพิธีเปิด โดยสังกัดกองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา  กระทรวงศึกษาธิการ  ซึ่งเป็นโรงเรียนให้นักเรียนอยู่ประจำ ในปีแรกนี้สามารถรับนักเรียนได้เพียง 41 คน มีครู-อาจารย์   2 ท่าน คือ  นายโสภณ อนันตโสภาจิตร์  ขณะนั้นดำรงตำแหน่งครูใหญ่และได้ครูจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดในขณะนั้นจัดสรรมาให้อีก 1 ท่านเข้ามาช่วยสอน  มีคนงานภารโรงเพียง 3 คน ต่อมาอีก 6 เดือน ได้ครูบรรจุเพิ่มมาอีก 2 ท่าน แล้วก็บรรจุมาเป็น 4 ท่าน ในเวลาต่อมาครูจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดจึงขอกลับไปทำงานสถานที่เดิม
        
          ในปี 2514 นั้นเหตุการณ์ต่างๆยังไม่สงบนัก ครู-อาจารย์จึงต้องรักษาเวรยามอย่างเข้มแข็งถึงขั้นนอนในที่มีกำบังมิดชิดคล้ายบังเกอร์ โดยได้จัดขึ้นเป็นชุดๆและได้อาศัยความอุปการะด้านความปลอดภัยจากสถานีตำรวจภูธรอำเภอแว้ง ที่ได้จัดส่งกำลังให้  รวมถึงชาวบ้านในละแวกใกล้เคียงที่มาช่วยเหลือในการรักษาความปลอดภัยในเวลากลางคืนการพัฒนาด้านต่างๆได้ดำเนินเรื่อยมา จำนวนครู-อาจารย์  และคนงาน  ภารโรงเพิ่มขึ้นมาเป็นลำดับ เหตุการณ์ต่างๆที่ไม่น่าไว้วางใจเริ่มสงบลง  ทำให้การพัฒนาด้านต่าง ๆ ราบรื่นขึ้น
         
           ในปี การศึกษา 2533  โรงเรียนได้รับอนุมัติจากกรมสามัญศึกษา  ให้เปิดทำการสอนระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1 และปีการศึกษา 2540 โรงเรียนได้รับอนุมัติจากกรมสามัญศึกษาให้เปิดสอนระดับมัธยมศึกษาปีที่ 4
ปี พ.ศ. 2543 กองการศึกษาพิเศษได้แยกออกเป็นกองการศึกษาสงเคราะห์และกองการศึกษาเพื่อคนพิการ โรงเรียนศึกษาสงเคราะห์นราธิวาส สังกัดกองการศึกษาสงเคราะห์  กรมสามัญศึกษา
ปี พ.ศ. 2546 มีการปรับเปลี่ยนโครงสร้างกระทรวงศึกษาธิการตามปฏิรูปการศึกษา โดยโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์นราธิวาส สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานราธิวาส เขต  2  และสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ    สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
ปีการศึกษา 2549  สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ    สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานได้ปรับเขตพื้นที่บริการรับนักเรียนของโรงเรียนจากเดิม  5  จังหวัด  เป็น 4  จังหวัด คือ จังหวัดนราธิวาส ยะลา ปัตตานี และจังหวัดสงขลา(อำเภอนาทวี อำเภอสะบ้าย้อย อำเภอสะเดา อำเภอจะนะ และอำเภอเทพา) 
ปี พ.ศ 2550 โรงเรียนศึกษาสงเคราะห์นราธิวาส สังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ได้ปรับเขตพื้นที่บริการรับนักเรียนจากเดิม 4 จังหวัด คือจังหวัด นราธิวาส ยะลา ปัตตานี และจังหวัดสงขา (อำเภอนาทวี อำเภอสะบ้าย้อย อำเภอสะเดา อำเภอจะนะ และอำเภอเทพา)
เป็น 5 อำเภอของจังหวัดนราธิวาส คือ อำเภอแว้ง อำเภอสุไหงโก-ลก อำเภอสุคิริน อำเภอตากใบ
และอำเภอสุไหงปาดี